Belanghebbende (stichting X) houdt zich bezig met onderzoek op zee. Haar activiteiten worden deels gefinancierd door de NWO. De activiteiten worden onder andere uitgevoerd met het schip "E". De E is een onderzoeksschip voor de open oceaan en beschikt over een zeebrief. In geschil is of belanghebbende in aanmerking komt voor de toepassing van afdrachtvermindering voor de zeevaart. Belanghebbende stelt dat voor toepassing van de afdrachtvermindering niet is vereist dat zij een onderneming drijft in de zin van de Wet IB 2001 of de Wet Vpb. Rechtbank Haarlem beslist dat de tekst van de Wva duidelijk is. Uit de tekst blijkt duidelijk dat in de Wva onder onderneming wordt verstaan een onderneming in de zin van de Wet IB 2001 of de Wet Vpb. Verder wijst de rechtbank er op dat onder zeeschip wordt verstaan een schip dat aan bepaalde voorwaarden moet voldoen, waaronder dat het in het kader van een onderneming wordt geëxploiteerd. De rechtbank beslist dat de inspecteur terecht de afdrachtvermindering aan belanghebbende heeft onthouden.
Hof Amsterdam oordeelt dat belanghebbende een onderneming drijft in de zin van de Wet IB 2001 en de Wet Vpb en derhalve recht heeft op toepassing van de afdrachtvermindering voor de zeevaart. Hieraan doet volgens het hof niet af dat belanghebbende een (niet belastingplichtig) indirect overheidsbedrijf is. Het hof overweegt hierbij dat de exploitatie van E naar zijn aard een zelfstandige onderneming kan vormen. Het hof stelt verder ook nog vast dat belanghebbende in concurrentie is getreden met andere ondernemingen Volgens het hof gaan belanghebbendes werkzaamheden namelijk ten koste van het debiet van commercieel werkende bedrijven. Het hof stelt belanghebbende in het gelijk en vernietigt de naheffingsaanslag.